Dans un bâtiment historique de Macao, Noa Kim trouve un carnet détaillant la suite des activités de son ancêtre, Edward Kenway. Il est alors approché par des hommes mystérieux qui lui proposent leur aide pour fuir Abstergo. À leur grande surprise, le jeune homme refuse.
De retour dans l'Animus, il plonge à nouveau dans les souvenirs de Kenway, qui vient de créer une compagnie maritime marchande. Difficile de se faire une place dans le port très animé de Macao... mais le pirate a plus d'un tour dans son sac !