Dès les premiers jours de la guerre entre humains et Covenants, l'UNSC, pour protéger la Terre et les colonies intérieures, décide de faire appliquer le protocole Cole, conçu pour supprimer toute donnée de navigation menant à la planète. Parmi ceux à qui cette tâche incombe se trouve le lieutenant de vaisseau Jacob Keyes. Mais ce dernier s'est aussi vu confier une mission secrète par l'ONI, qui l'emmènera derrière les lignes ennemies.

Loin des colonies extérieures, les Covenants continuent de vitrifier les planètes occupées par les humains. Des survivants ont trouvé refuge dans une importante ceinture d'astéroïdes autour de la géante gazeuse Hésiode. Des Kig-Yars y ont également fait leur nid... Mais les deux peuples semblent cohabiter.

La nouvelle de cette improbable entente s'est répandue ; heureusement pour l'UNSC, la Gray Team, une section de trois Spartans, en a appris l'existence. Les Prophètes ont également envoyé sur place leurs meilleurs éléments, dont un Élite aussi ambitieux qu'implacable, prêt à tout pour asseoir sa lignée et suivre la Voie.