Après quelques années passées en tant que membre du B.P.R.D., Abe Sapien s'affranchit de Hellboy et reprend sa liberté, pour vivre ses aventures, sur une planète bleue envahie de monstres, faisant de cette Terre un enfer.Abe est accusé d'être à l'origine de l'extinction de la race humaine qui se profile. Il plonge dans le Gulf Stream, d'où semblent venir les monstres qui infestent la Terre, faisant fuir la population des grandes villes. Il trouve refuge auprès d'une communauté mexicaine et tente de s'accrocher à ce qu'il lui reste d'humanité, surcette Terre où les créatures monstrueuses déambulent et où les morts marchent...