Ce tome II contient le fameux "Discours sur l'esprit positif" en trois parties. Comte y étudie tout d'abord "l'esprit positif" en ce qu'il est plus apte à organiser l'harmonie mentale que ne l'est l'esprit théologico-métaphysique. Il défend ensuite qu'il est plus apte à organiser la société et à systématiser la morale. Il définit enfin les conditions d'établissement du régime positif.